БИОЧИП, ВКЛЮЧАЮЩИЙ ПРАЙМЕР СЕКВЕНИРОВАНИЯ И НЕСЕКВЕНИРУЮЩУЮ ЕДИНИЦУ

22-01-2021 дата публикации
Номер:
RU2019117494A
Принадлежит: Иллюмина, Инк.
Контакты: 197101, Санкт-Петербург, а/я 128, "АРС-ПАТЕНТ"
Номер заявки: 74-11-201994
Дата заявки: 20-12-2017





1. Биочип, включающий:

подложку, включающую совокупность дискретных лунок;

гелеобразный материал, размещенный в каждой из дискретных лунок;

праймер секвенирования, привитый на гелеобразный материал; и

несеквенирующую единицу, привитую на гелеобразный материал;

где и праймер секвенирования, и несеквенирующая единица находятся в той форме, в которой они были привиты.

2. Биочип по п. 1, в котором несеквенирующая единица выбрана из группы, состоящей из дендримера, полидекстрана, метакрилоилоксиэтилфосфорилхолина, полиэтиленгликоля, полиэтиленимина, поли-L-лизина, пропаргилметакрилата, полиметилметакрилата, поли-N-изопропилакриламида, полиэтиленгликоль акрилата, полипропиленимина, поливинилового спирта, поли-2-этил-2-оксазолина, полиакриловой кислоты, сложного полиэфира тролокса, пептида и нефункционального праймера.

3. Биочип по п. 2, в котором несеквенирующая единица представляет собой нефункциональный праймер, и в котором нефункциональный праймер представляет собой PolyT или PolyA.

4. Биочип по п. 2, в котором несеквенирующая единица представляет собой полиэтиленгликоль, молекулярная масса которого составляет от приблизительно 0,5 кДа до приблизительно 10 кДа.

5. Биочип по любому из пп. 1 или 2, в котором несеквенирующая единица привита на гелеобразный материал через терминальную функциональную группу, выбранную из группы, состоящей из алкина, норборнила, не содержащей меди частицы клик-химии и тиола.

6. Биочип по любому из пп. 1 или 5, в котором несеквенирующая единица включает линкер и гаситель триплетного состояния или антиоксидант, присоединенный клинкеру.

7. Биочип по п. 6, в котором

линкер выбран из группы, состоящей из дендримера, полидекстрана, метакрилоилоксиэтилфосфорилхолина, полиэтиленгликоля, полиэтиленимина, поли-L-лизина, пропаргилметакрилата, полиметилметакрилата, поли-N-изопропилакриламида, полиэтиленгликоль акрилата, полипропиленимина, поливинилового спирта, поли-2-этил-2-оксазолина, полиакриловой кислоты и сложного полиэфира тролокса; и

одно из следующих:

гаситель триплетного состояния выбран из группы, состоящей из циклооктилтетраена (ЦОТ), Тролокса (6-гидрокси-2,5,7,8-тетраметилхроман-2-карбоновой кислоты) и нитробензилового спирта (НБС); или

антиоксидант выбран из группы, состоящей из аскорбата, глутатиона, галловой кислоты, катехина, Тролокса (6-гидрокси-2,5,7,8-тетраметилхроман-2-карбоновой кислоты) и витамина Е.

8. Биочип по любому из пп. 1 или 5, в котором несеквенирующая единица включает линкер и донор для резонансного переноса энергии флуоресценции (FRET), присоединенный к линкеру.

9. Биочип по п. 8, в котором:

линкер выбран из группы, состоящей из дендримера, полидекстрана, метакрилоилоксиэтилфосфорилхолина, полиэтиленгликоля, полиэтиленимина, поли-L-лизина, пропаргилметакрилата, полиметилметакрилата, поли-N-изопропилакриламида, полиэтиленгликоль акрилата, полипропиленимина, поливинилового спирта, поли-2-этил-2-оксазолина, полиакриловой кислоты и сложного полиэфира тролокса; и

донор для FRET выбран из группы, состоящей из донорного красителя для FRET с красителем зеленого свечения и донорного красителя для FRET с красителем красного свечения.

10. Биочип по любому из предшествующих пунктов, в котором молярное отношение несеквенирующей единицы к праймеру секвенирования составляет от приблизительно 0,25:1 до приблизительно 5:1.

11. Биочип по любому из предшествующих пунктов, в котором:

гелеобразный материал включает повторяющееся звено, имеющее Формулу (I):

где:

R1 представляет собой Н или необязательно замещенный алкил;

RA выбран из группы, состоящей из азидогруппы, необязательно замещенной аминогруппы, необязательно замещенного алкенила, необязательно замещенного гидразона, необязательно замещенного гидразина, карбоксила, гидроксигруппы, необязательно замещенного тетразола, необязательно замещенного тетразина, нитрилоксида, нитрона и тиола;

R5 выбран из группы, состоящей из Н и необязательно замещенного алкила;

каждый из -(СН2)p- может быть необязательно замещенным;

р представляет собой целое число, составляющее от 1 до 50;

n представляет собой целое число, составляющее от 1 до 50000; и

m представляет собой целое число, составляющее от 1 до 100000.

12. Биочип, включающий:

подложку, включающую совокупность дискретных лунок;

гелеобразный материал, размещенный в каждой из дискретных лунок;

праймер секвенирования, привитый на гелеобразный материал; и

спейсер, привитый на гелеобразный материал, где спейсер выбран из группы, состоящей из дендримера, полидекстрана, метакрилоилоксиэтилфосфорилхолина, полиэтиленгликоля, полиэтиленимина, поли-L-лизина, пропаргилметакрилата, полиметилметакрилата, поли-N-изопропилакриламида, полиэтиленгликоль акрилата, полипропиленимина, поливинилового спирта, поли-2-этил-2-оксазолина, полиакриловой кислоты, сложного полиэфира тролокса и комбинаций перечисленных веществ.

13. Биочип по п. 12, дополнительно включающий гаситель триплетного состояния, антиоксидант или донор для резонансного переноса энергии флуоресценции (FRET), присоединенный к спейсеру.

14. Биочип по п. 13, в котором:

гаситель триплетного состояния присоединен к спейсеру; и

гаситель триплетного состояния выбран из группы, состоящей из циклооктилтетраена (ЦОТ), Тролокса (6-гидрокси-2,5,7,8-тетраметилхроман-2-карбоновой кислоты) и нитробензилового спирта (НБС).

15. Биочип по п. 13, в котором:

антиоксидант присоединен к спейсеру; и

антиоксидант выбран из группы, состоящей из аскорбата, глутатиона, галловой кислоты, катехина, Тролокса (6-гидрокси-2,5,7,8-тетраметилхроман-2-карбоновой кислоты) и витамина Е.

16. Биочип по п. 13, в котором:

донор для FRET присоединен к спейсеру; и

донор для FRET выбран из группы, состоящей из донорного красителя для FRET с красителем зеленого свечения и донорного красителя для FRET с красителем красного свечения.

17. Биочип по любому из пп. 12-16, в котором молярное отношение спейсер/праймер секвенирования составляет от приблизительно 0,25:1 до приблизительно 5:1.

18. Биочип по любому из пп. 12-17, в котором спейсер привит на гелеобразный материал через терминальную функциональную группу, выбранную из группы, состоящей из алкина, норборнила, не содержащей меди частицы клик-химии и тиола.

19. Способ, включающий:

размещение гелеобразного материала в каждой лунке совокупности дискретных лунок подложки;

прививку праймера секвенирования к гелеобразному материалу; и

прививку несеквенирующей единицы к гелеобразному материалу.

20. Способ по п. 19, в котором праймер секвенирования привит на гелеобразный материал до или после прививки несеквенирующей единицы на гелеобразный материал.

21. Способ по п. 19, в котором праймер секвенирования и несеквенирующая единица совместно привиты на гелеобразный материал.

22. Способ по п. 21, в котором совместную прививку выполняют посредством:

нанесения смеси праймера секвенирования и несеквенирующей единицы на подложку, на которую нанесен гелеобразный материал; и

инкубации подложки при заданной температуре.

23. Способ по любому из пп. 19-22, в котором:

несеквенирующая единица выбрана из группы, состоящей из дендримера, полидекстрана, метакрилоилоксиэтилфосфорилхолина, полиэтиленгликоля, полиэтиленимина, поли-L-лизина, пропаргилметакрилата, полиметилметакрилата, полиэтиленгликоль акрилата, полипропиленимина, поливинилового спирта, поли-2-этил-2-оксазолина, полиакриловой кислоты, сложного полиэфира тролокса, пептида и нефункционального праймера; и

несеквенирующая единица привита на гелеобразный материал через терминальную функциональную группу, выбранную из группы, состоящей из алкина, норборнила, не содержащей меди частицы клик-химии и тиола.

24. Способ по любому из пп. 19-23, в котором:

гелеобразный материал включает повторяющееся звено, имеющее Формулу (I):

где:

R1 представляет собой Н или необязательно замещенный алкил;

RA выбран из группы, состоящей из азидогруппы, необязательно замещенной аминогруппы, необязательно замещенного алкенила, необязательно замещенного гидразона, необязательно замещенного гидразина, карбоксила, гидроксигруппы, необязательно замещенного тетразола, необязательно замещенного тетразина, нитрилоксида, нитрона и тиола;

R5 выбран из группы, состоящей из Н и необязательно замещенного алкила;

каждый из -(СН2)p- может быть необязательно замещенным;

р представляет собой целое число, составляющее от 1 до 50;

n представляет собой целое число, составляющее от 1 до 50000; и

m представляет собой целое число, составляющее от 1 до 100000.